汉诺威医学院的成立要追溯到1961年，当年6月国家科学委员会建议在联邦德国建立7所新的医学院，以增加国内的医学生数量至7000人。数月内，下萨克森州议会决定建立一所州立医学院。

于1961年12月成立汉诺威医学院委员会，次年2月委员会决定将学校选址于汉诺威市，1963年下萨克森州下发政府宣布建立汉诺威医学院。1965年汉诺威医学院的行政及教学结构基本确立，校区建成。1965年5月17日，汉诺威医学院成立仪式在汉诺威兽医大学开启。汉诺威医学院的创始人是亨廷顿大学内科学专家Rudolf Schoen教授，其继任者Fritz Hartmann 教授在汉诺威医学院的内涵提升和外在发展方面做出了重大贡献。汉诺威医学院分布是以校园式风格呈现的。临床医学院和相关研究所的毗邻确保了治疗、教学和科研的有机结合。1965年的夏季学期在Oststadt医院开始了汉诺威医学院的第一节课。当时的师生比例是12:41，但这并没有持续很长时间，10年后学生增至1000人，20年后学生增至3000人，随着医学院内系所的增加，学院内的教授由最初的12人增至140人，自建立后的12年间，汉诺威医学院完成计划系所建设的80%，并开始输出临床医学生。