建校四百多年来，曾有许多著名学者在马尔堡大学工作，也有许多知名人物从这里毕业。其中自然科学领域的知名人物有：

埃米尔·阿道夫·冯·贝林：医学家、细菌学家，1901年诺贝尔生理学或医学奖获得者。

卡尔·费迪南德·布劳恩：物理学家，1909年诺贝尔物理学奖获得者。

汉斯·费歇尔：化学家，1930年诺贝尔化学奖获得者。

奥托·洛伊维：药理学家、心理生物学家，1936年诺贝尔生理学或医学奖获得者

阿道夫·布特南特：生物化学家，1939年诺贝尔化学奖获得者。

奥托·哈恩：放射化学家、物理学家，1944年诺贝尔化学奖获得者。

爱德华·富兰克兰：化学家。

罗伯特·威廉·本生：化学家。

阿道夫·威廉·赫尔曼·科尔贝：化学家。

阿尔布雷希特·科塞尔：1910年诺贝尔生理学或医学奖获得者。

阿尔弗雷德·魏格纳：地质学家、气象学家，大陆漂移学说创立者。

卡尔·齐格勒：化学家，1963年诺贝尔化学奖获得者。

格奥尔格·维蒂希：化学家，1979年诺贝尔化学奖获得者。

朱尔斯·霍夫曼：生物学家，2011年诺贝尔生理学或医学奖获得者。

米哈伊尔·瓦西里耶维奇·罗蒙诺索夫：化学家、哲学家。

马尔堡大学的人文学科底蕴深厚，尤其是神学与哲学。曾在这里工作或学习的神学家有鲁道夫·布尔特曼、威尔汉·赫尔曼、保罗·田立克、卡尔·巴特等，哲学家有恩斯特·卡西尔、汉斯-格奥尔格·伽达默尔、马丁·海德格尔、汉斯·约纳斯、汉娜·阿伦特、何塞·奥特嘉·伊·加塞特、列奥·施特劳斯等。

其它领域的知名校友还有：

格林兄弟（雅各布·格林和威廉·格林）：作家，《格林童话》的作者。

威廉·李卜克内西：革命家、德国社会民主党创始人之一。

鲍里斯·帕斯捷尔纳克：诗人、小说家和文学翻译家，1958年诺贝尔文学奖获得者。

古斯塔夫·海涅曼：德意志联邦共和国前总统。

科斯塔斯·西米蒂斯：希腊前总理。