马来西亚的小学教育长达六年，并在不同源流的学校开办。在小学六年级时，所有的小学生都必须接受小六评估考试（UPSR）。
马来西亚拥有多源流的中学教育，学生可根据自己的喜好自由选择适合的中学。
在公立中学和实行双轨制的独中，学生必须在中学五年级（中五/高二）参加马来西亚教育文凭考试（SPM）。自2006年起，除了普通的SPM英语等级，学生也被赋予GCE “O” 水准的英语等级，并且由剑桥国际考试委员会把关。两个英文等级都会同时出现在SPM成绩单，但“O”水准英语等级不会出现在SPM的正式文凭，而是以另一张由CIE发出的文凭显示。
在华文独立中学，学生必须参与两次的统一考试，分别为“初中统一考试”和“高中统一考试”。统考可以分成三个等级：初中、高中和技职科。初中和技职科的课程以华语作为课程和考试所使用的语言。数学、科学（生物、物理和化学）、簿记、会计和商业在高中统考以中文和英文（只限部分科目）出题。
另外，国际学校的学生则会报考部分欧美国家的国际性考试。
马来西亚学生可在完成中五课程后继续休息中六课程。在完成中六课程后，学生可凭STPM成绩申请国内外大学。除此之外，学生亦可报读私立大学所开办的大学先修课程或二至三年的文凭课程。学生亦可在私立中学选修国外先修文凭，当中包括“A”水准考试、IB课程、南澳大学先修课程等。
而另一个升学途径则是由马来西亚教育部开办的马来西亚大学先修课程。不过自2006年起，此课程将会保留百分之三十的学位于土著学生。此课程亦普遍上被认为比STPM宽松，在考获佳绩上相对容易。同时，本地公立大学亦偏向选择以土著学生为主的大学先修课程毕业生。部分热门可惜如医学系、药剂系和法律系也会保留百分之七十的学位予土著学生。
本地学生只可以凭着STPM或马来西亚大学先修课程申请进入本地大学。此外，马来西亚公立大学在录取新生方面采取“种族固打制”，这也造成马来西亚人才大量外流。一直以来，华裔学生考获佳绩却不被本地公立大学录取的新闻频频见报。
许多学生选择到私立的高等学府深造，而这些高等学府也会与国外大学合作。此外，马来西亚亦吸引不少国外著名大学前来本地开设分校，其中包括诺丁汉大学、南安普敦大学、蒙纳士大学等。