京都大学的学制为学士4年、硕士2年，博士3年，预科半年到一年。
新学年从每年的4月1日起至次年3月31日止，为两学期制。上半学期为4月-9月，下半学期为10月-3月。
该校硕士课程除医学、海事科学和国际合作学4月和10月都可以入学，博士课程除理学、医学、工学、系统信息学、农学、海事科学和国际合作学4月和10月都可以入学以外，其余课程都是4月入学。其中，国际合作学4月入学为日语课程，10月入学为全英文课程。硕士、博士的预科课程除经营学只能4月入学以外，其他学科4月或10月都可以入学，而医学每月都可以入学。
